Rose de Lima naquit sous le nom d’Isabel de Flores y de Oliva, entre le 20 et le 30 avril 1586, dans la rue Saint-Dominique à Lima, au Pérou. Elle était la fille de Gaspar Flores, originaire de Porto Rico, et de María de Oliva, originaire de Huánuco, au Pérou. Lors de sa confirmation, un petit garçon vit son visage s’épanouir comme une rose ; c’est de là que lui vint le nom de Rosa.
Elle grandit dans l’aisance mais mena, contre la volonté de sa mère qui souhaitait la voir faire un beau mariage, une vie religieuse austère. Ce conflit avec sa mère dura dix ans. Rose prit Catherine de Sienne pour modèle et fit vœu de rester célibataire.