Le 19 novembre 2016, le pape François le fait cardinal lors d'un consistoire, avec le titre de cardinal-prêtre de Saint-Jean-Saint-Paul. Il est installé dans sa paroisse cardinalice le 25 mars 20179.
En septembre 2010, l'évêque de Bruges soulève la question du maintien du caractère obligatoire du célibat des prêtres, estimant notamment que les « personnes pour lesquelles le célibat est humainement impossible à respecter devraient aussi avoir la chance de devenir prêtre ». Cet avis est appuyé quelques jours plus tard par les évêques d'Hasselt, Patrick Hoogmartens, et d'Anvers, Johan Bonny..
Fin décembre 2015, peu après sa prise de fonction comme archevêque de Malines-Bruxelles, il se déclare favorable à la dimension institutionnelle de la clause de conscience pour les hôpitaux sur des sujets éthiques comme l'avortement et l'euthanasie.
Quel est le rôle actuel de l'Eglise ? Quels sont ses buts et visions pour l'avenir ? La perception que les gens ont de l'Eglise a-t-elle évoluée ?