In september 1943 namen de nazi’s het bestuur van Noord-Italië over en begon ook hun jodenvervolging. Girotti begon een netwerk om joden te helpen aan onderduikadressen en valse papieren. Hij had affiniteit met de joden door zijn Bijbelstudie en zijn jaren in Jeruzalem. Hij noemde de joden ‘dragers van Gods Woord’ en ‘oudere broeders’, in die tijd uitzonderlijke benamingen.
Op 29 augustus 1944 werd Giuseppe Girotti gearresteerd. Hij was verraden door een man die zich voordeed als iemand die in nood was. Protesten van zijn prior hadden geen zin. Na een periode in de gevangenissen van Turijn en Milaan en enkele doorvoerkampen werd hij op 5 oktober naar Dachau getransporteerd.
Volgens Angelo Dalmasso, een priester-gevangene die het kamp overleefde, viel Girotti op door zijn vrijgevigheid en zijn openheid naar medegevangenen. Girotti werd ziek door de slechte leefomstandigheden in het kamp en werd naar de ziekenboeg gebracht. Daar stierf hij op 1 april 1945, waarschijnlijk door een dodelijke injectie met dieselolie, zoals vaker met zieken gebeurde. Zijn medegevangenen schreven op zijn brits: ‘Hier sliep Sint Guiseppe Girotti’.