Rosa van Lima werd geboren als Isabel de Flores y de Oliva, tussen 20 en 30 april 1586, in de Dominicusstraat in Lima, Peru. Ze was de dochter van Gaspar Flores uit Puerto Rico en Maria de Oliva uit Huáuco, Peru. Bij haar vormsel zag een jongetje haar gezicht bloeien als een roos; vandaar de naam Rosa.
Ze groeide op in welstand maar leidde, tegen de zin van haar moeder die haar graag goed zag trouwen, een streng godsdienstig leven. Tien jaar lang duurde deze strijd met haar moeder. Rosa nam Catharina van Siena als voorbeeld en legde een gelofte af om ongetrouwd te blijven.
Ascese
In 1606, Rosa was twintig jaar, zwichtte haar moeder. Rosa trad toe tot de Derde Orde van Dominicus en is daarmee, net als Catharina, een lekendominicanes. In de tuin de familie bouwde men een huisje waar Rosa zich afzonderde. Ze legde zichzelf zware folteringen op, door veel te bidden en te mediteren, langdurig te vasten en een kroon van dorens te dragen.
Met deze zelfgekozen boetewerken wilde ze God bidden dat de Peruanen zich zouden afkeren van hun afgoden. Haar intentie was ook genoegdoening geven voor de fouten van de zondaars en verlossing van de zielen uit het vagevuur.